중앙정부가 경제자유구역청 조직문제를 놓고 이제사 독립 운운하는 것은 자가당착에 다름없다. 경제자유구역청이 지금과 같은 조직형태를 띠게 된 것도 따지고 보면 다 중앙정부의 결정에 의한 것일 뿐더러 출범한 지 채 얼마 안된 조직을 대상으로 조직개편을 하겠다고 하는 것도 온당하다 할 수 없기 때문이다.
 중앙정부가 경제자유구역청 조직문제와 관련해 연구용역을 발주한 이유는 단순하다. 지방자치단체 업무와 경제자유구역청 업무의 영역구분이 모호한 데다 지자체와의 보직순환 등으로 인해 외국인이나 투자기관을 담당하는 직원이 수시로 바뀌면서 외자유치에 적잖은 걸림돌로 작용하고 있어 이를 보완키 위해서라는 것이 연구용역 발주부서의 설명이다. 하지만 설득력이 떨어진다. 정부의 지적처럼 경제자유구역청 조직과 업무 추진력에 문제가 있을 수는 있다.
 그렇다 해도 이를 지방정부와 경제자유구역청만의 탓으로 돌리는 것은 무리이다. 경제자유구역청은 지방정부가 독단으로 결정해 설립한 조직은 결코 아니다. 오히려 지방정부는 중앙정부의 방침에 따라 설립작업만 했다 해도 지나치지 않는다. 따라서 경제자유구역청의 조직과 업무 추진에 문제가 있다면 이는 지방정부보다는 중앙정부의 책임이라 하는 것이 더 옳다. 그럴진데 지방정부의 잘잘못을 이유로 내세워 조직개편 운운하는 것은 책임전가에 다름없는 것이다. 지역사회가 그 의도를 놓고 의혹제기와 아울러 반발하는 것도 나무랄 것이 못된다.
 경제자유구역청이 설립된 지는 이제 6개월 남짓하다. 이런 점에서 조직운영에 문제가 있음은 너무 당연하며 오히려 완벽하다면 더 이상하다 해야 할 것이다. 문제는 이런 신설조직을 놓고 허가권을 갖고 있는 중앙정부가 뒤늦게 왈가불가할 자격이 있는가 하는 점이다. 더욱이 이는 행정기관의 맏형으로서 취할 도리에도 맞지 않는다.
 중앙정부가 지금 해야할 일은 지금과 같은 문제제기보다 경제자유구역의 성공적 개발을 위해 경제자유구역청이 제 역할을 제대로 할 수 있도록 격려하고 지원하는 것이다. 시중에 나돌고 있는 의혹처럼 경제자유구역청과 경제자유구역 개발사업마저 정치 논리에 좌우된다면 우리의 미래는 암울하다 할 수밖에 없다.